《口袋妖怪火红》的故事开始于一个名叫小镇的地方，玩家扮演一个有着口袋妖怪训练师梦想的小孩。在阿罗拉教授的引导下，玩家将从三只初始口袋妖怪中选择一个作为自己的第一个伙伴，分别是妙蛙种子、小火龙和杰尼龟。选择完毕后，玩家的任务就是踏上旅程，收集更多的口袋妖怪，挑战不同的道馆，最终目标是战胜四大天王，成为口袋妖怪联盟的冠军。
游戏的主线任务主要围绕收集徽章、战胜对手、揭露火箭队的阴谋并打败四大天王这几个阶段展开。
收集徽章：玩家需要挑战各地的道馆馆主，共有八个道馆，分别代表不同的属性，每战胜一个馆主，就能获得一个徽章，八枚徽章齐集则可以进入决斗大会，挑战四大天王。
战胜对手：玩家将会面对劲敌，如同行的竞争对手，他们会不时出现挑战玩家，使得玩家必须不断强化自己的口袋妖怪。
火箭队阴谋：神秘的犯罪组织火箭队在各地搞破坏和偷窃，玩家需揭露他们的阴谋并阻止他们的行动。
挑战四大天王：在集齐了八枚徽章之后，玩家将进入决斗大会，需要连续战胜四名实力强劲的天王成员，以及最后的冠军。
收集徽章是证明一个口袋妖怪训练师实力的重要环节，每个道馆都有不同的特色和挑战。以下是一些道馆的示例：
岩石道馆：以岩石属性的口袋妖怪为主，玩家需要了解属性克制，用水或草属性妖怪才能轻松取胜。
水系道馆：水属性强大，在这里玩家可能会需要电系或草系口袋妖怪来占据优势。
游戏不仅包括了与NPC的对战，还可以和其他玩家进行在线对战或交换口袋妖怪。这提供了一个互动平台，增加了游戏的可玩性和竞争性。
火箭队作为神秘的邪恶组织，在游戏的不同阶段中不断出现，挑战玩家的道德底线和战斗能力。玩家需要通过智谋和实力来一次次挫败他们的阴谋。
拥有了八枚徽章后，玩家将面对四大天王的挑战。这次挑战是对玩家策略和口袋妖怪实力的终极考验。每一位天王都有自己特定属性的口袋妖怪组合，并且他们的妖怪等级都很高，所以玩家需要合理的队伍配置和充足的备战物品才有可能取胜。
战胜四大天王之后，玩家将面对前任冠军——最强的训练师。这场战斗是所有挑战中最艰巨的，但一旦战胜了冠军，玩家就会接过冠军的位置，成为口袋妖怪世界的顶尖训练师。
《口袋妖怪火红》的主线任务不仅是一系列战斗的叠加，更是对玩家策略布局和应变能力的考验。每个道馆的徽章，每一次与火箭队的交锋，每一次与其他训练师的较量，都是玩家在成为最强训练师道路上的重要一步。通过这些任务，游戏构建了一个充满挑战和乐趣的口袋妖怪世界，让玩家们在探索与成长中找到自己独特的冒险之道。
